Šiais metais, siekiant užtikrinti programos darbų nuoseklumą ir ilgalaikę plėtrą, sudaryta 1999-2002 m. trimetė Vilniaus senamiescio atgaivinimo programa. 1999 m. jai įgyvendinti skirta 15 mln. litų biudžeto lėšų, 6 mln. litų kelių fondo lėšų bei 1 mln. - iš gamtosaugos fondo (iš viso 22 mln. litų). 1999 m. patvirtinta senamiesčio atnaujinimo strateginė kryptis. Joje numatyta tvarkymą nuo jau sutvarkyto centro plėsti Užupio, Gedimino prospekto ir Pylimo gatvės link, įtraukiant didžiulio masto Katedros aikštės darbus. Pagal programą sutvarkyti 85 pastatų fasadai. Parengti projektiniai dokumentai 24 gatvėms tvarkyti, rekonstruotos 9 gatvės ir 2 Užupio tiltai. Trims bažnyčioms įrengtas dekoratyvinis apšvietimas. Restauruoti Bernardinų kapinių kolumbariumai, sutvarkytas Pranciškonų sodas, tvarkomas Kūdrų parkas.
Šiais metais pradėta vykdyti Bendruomenės švietimo programa, pagal ją gyventojai skatinami tvarkyti pastatų išorę ir aplinką. Pasitelkusi Jungtinių Tautų vystymo programą, agentūra šia tema gyventojams surengė šviečiamųjų konsultacinių seminarų ciklą, taip skatindama steigti gyvenamųjų namų bendrijas tokių senamiestyje iki tol tebuvo septynios.