Įgyvendindama  UNESCO pasaulio paveldo konvencijos gaires Agentūra nuo 2010 m. vykdo valstybės saugomų nekilnojamojo kultūros paveldo objektų stebėseną. Šiuo metu jau apžiūrėta 300 objektų – atlikta fotofiksacija, parengti apžiūros aktai, skaitmenizuoti ankstesni objektų apžiūros dokumentai. Šis darbas vykdomas vadovaujantis Lietuvos Respublikos nekilnojamojo kultūros paveldo apsaugos įstatymu ir atitinkamais Kultūros ministro įsakymais. Agentūra nuosekliai kaupia ir sistemina šiuos duomenis tikslinėje viešai prieinamoje duomenų bazėje.

2015 metais pradėtas smulkiųjų autentiškų pastatų, gatvių ir viešų erdvių infrastruktūros elementų fiksavimas. Tęsiant šį darbą 2016 m. pradėta ne tik atskirų pastatų, bet bendrų vietovei vertingųjų savybių (Senamiesčio vertingosios savybės), patvirtintų 2013 metais, stebėsena: stebima senamiesčio panoramų kaita nuo Pilies, Trijų kryžių ir Bekešo kalnų, apžvalgos taškų Subačiaus−Maironio gatvių sankirtoje ir Šv. Jonų bažnyčios varpinėje. 2018 m. tęsiama Senamiesčio gatvių perspektyvų stebėsena; stebimos naujos statybos, darančios įtaką senamiesčio gatvių išklotinėms, urbanistinei struktūrai, panoramoms, pradėtos stebėti viešosios erdvės ir želdynai – jų aplinkotvarkos įranga, naudojimas ir kaita.

Ilgainiui, rengdami periodines ataskaitas UNESCO PPC su ekspertų pagalba apibendrinsime, kaip tai veikia bendrą aplinką, kitas vertingąsias savybes ar konkrečius saugomus objektus: pastatus, ansamblius, kt. 

Apie šio darbo metu aptiktus galimai neteisėtus paveldo objektų ar jų aplinkos tvarkybos darbus Agentūra informuoja savivaldybės Kultūros paveldo apsaugos skyrių ir KPD Vilniaus teritorinį padalinį. Šios patirties pagrindu gerinama esama kontrolės sistema, viešai skelbiant informaciją apie nustatytus pažeidimus ir pažeidėjus.